船说接着专案组决定由厦门海关走私犯罪侦查分局以涉嫌重大走私的案由，对厦门远华公司、开元外贸集团、东方发展外贸公司立案侦查，按程序办妥一切法律手续。
章国胜、吕滨下午前往厦门海关，向关党组通报专案组的工作。章在全关副处级以上干部会议上讲话，劝导大家积极配合调查组工作。但事后证明，那些涉案较深的人员对专案组的劝导采取两面手法，一面是将本来面目掩盖，尽量不暴露，表面上不与专案组对抗；但另一面则是设法为自己的命运考虑对应措施，或与走私分子继续保持信息往来，或是千方百计掩饰罪行。专案组抵厦前夕，东渡办主任周振庭“失踪”借口前往外地看病，但其后再也联系不上。当时参加会议的人员中，业务一线的处室干部在以后的几个月内，大多被纪委的内查组采取“两规”或监视居住措施。由此可见，专案组在当时敌我阵线不明的状态下工作，其难度有多大。
当天晚上，章国胜带人会见厦门市委书记，通报专案组工作，希望市委支持、配合工作。市委书记表示，市里成立一个六人小组专门配合专案组工作，由市纪委书记任组长，并通报专案组：福建省委也派了监察厅的副厅长来厦门协助专案组工作，最后专案组和市委商定：涉嫌走私的由缉私警察控制，涉嫌受贿或参与走私的公职人员，由市纪委控制。为此厦门海关派缉私警察、市纪委派纪委干部各五人参加专案组的调查工作。
跟着查处远华走私大案一开战，海关的精兵强将便凭着他们丰富的查私经验，触到走私大案的最敏感处。
厦门开元外贸集团公司，是一家注册资金一亿元人民币的国有独资企业，下设十六个全资及投资子公司、两个海外公司。公司董事长、总经理陈光辉，及他的铁杆追随者，策划并操纵走私，完全蜕化变质，成为罪恶元凶。为此他一边疯狂实施走私，一边穷凶极恶攫取国有资产变为私有；同时随时准备退却之路，企图逃避阳光下的原形毕露。
陈光辉，九六年通过非法途径购买了一本中国驻菲律宾大使馆签发的护照，化名陈进，而且以私人名义，与厦门工商银行设在香港的一家公司合资成立香港百全国际有限公司；又以百全公司的名义在厦门注册厦门云顶房地产有限公司。开元公司的大量资金便神不知鬼不觉地流进这两个陈光辉自己的公司里。陈光辉用这两家私人公司的钱款在香港购置地产三处，总值两千三百余万港币，业主均为陈进。
当厦门走私罪恶无处藏身之时，陈光辉逃走了，而留在开元公司，追随陈光辉参与走私也捞到不少好处的那些同事们，则贪巨利而身陷漩涡。恐惧从开始参与第一笔走私活动时起，便一直控制了他们的心灵。为此他们在参与犯罪的同时也以不同的方式预留着各自的后路。
这批追随者，包括两个副总、保税部的两任经理、财务部、海外部的经理、总经理的助理等十余人，在随后的几天里，都被采取措施，或“两规”或留置，或拘留，一一落入法网，攻坚战开始，开元公司这一与远华集团联手走私的大鱼落入法网。
赖昌星走私规模越干越大，原因之一是他善于借力发力。对此，举报信的作者算是看透了赖的狼狈伎俩：“光靠他一个人的力量是做不成也做不大”“这些活动走私的第一线公司永远都是类似开元、嵩海等国企，或保税区内企业”“他招揽这些大企业，利用国企的大量资金，疯狂进行走私，从中牟利”而许多国企喜欢与狼共舞，乃是因为其“当家人”也蜕化变质为狼的同类，陈光辉如此，陈燕新也如此。
赖昌星走私集团利用保税手册搞假转口，走私进口了二十五万余吨原油以后，发现此种手法程序复杂、繁琐。环节一多，容易授人以柄。于是他们开创第二种作业方法，简言之叫“报船不报货”要点是“截留关封，瞒天过海”关封，是海关内部各监督环节之间对进出境货物、运输工具实施有效监管的联系凭证。厦门海关当时的船管部门和货管部门之间的作业程序之间的联系，是通过船务代理递交关封的形式实现的。赖昌星走私集团利用当时海关与船务代理公司之间计算机没有联网、海关对船舶监管与货物监管相分离的缺陷，采取只申报船舶进口，不申报货物进口的方法走私成品油六十八船次共计一百八十八万吨。
按厦门海关正常的监管程序，船舶载货运抵厦门港，蛋疼&ap；ap；网船舶代理单位向口岸联检部门港监、边防、卫检、海关四个部门申报进境；海关船管部门将船舶的载货清单做成关封，交给船舶代理单位送联检中心；由海关人员输入计算机，作为海关对货物进行监管、接受申报、征税、统计的依据。货物办结报关纳税手续后，船舶代理公司持船舶离港申报单到海关、卫检、边防盖章，由港监凭以上部门的盖章办理船舶离港证。
九六至九八年，运载赖昌星走私集团成品油的油船到达厦门港后，船舶向口岸联检部门申报进境。邱允强、佘明仁以东方公司的名义办理报检手续和商检的重量、空舱鉴定。 与此同时，侯小虎、王泰成在船舶代理单位具体办理船舶进境联检申报过程中，分别买通厦门船务代理公司张北辰和厦门外轮代理公司郑振泰，由张北辰、郑振泰将本应由船舶代理单位送交联检中心输入计算机的装有进口货物载货清单的关封截留，交给侯小虎或王泰成。海关货管部门没有收到关封，不了解成品油到港的情况，致使进口的成品油逃避海关监管，偷逃关税和进口环节税。
侯小虎和王泰成还买通厦门港监局通航监督处处长陈友达、船舶监督处处长张端斌为走私油轮快速安排海上作业锚地及办理过驳证和危险品申报手续。侯小虎通知邱允强油轮过驳或停靠博坦油库卸油的时间。邱允强、许贻谋、佘明仁安排驳船前往外轮过驳。油轮卸空之后，船代公司登载船舶卸空的记录，并到港监、动植检、卫检、商检申报空船出境。侯小虎、王泰成持船代公司取回船舶出境联系单交由厦门海关东渡办事处船管科方宽容加盖海关3号验讫章后送回船代公司办理船舶离港签证。
至此，“报船不报货”“截留关封，瞒天过海”的过程顺利实现。报船不报货，截留关封，瞒天过海的手法使用得很成功，但是赖昌星走私集团的“高手”们还想追求更“简捷”和更“完美”赖昌星猖狂走私之所以成功，正是与国企的蜕化变质的当家人，如陈燕新、陈光辉、赵裕昌、曹星海等一类人物结成了反社会的联盟，如何摧毁这种联盟的存在呢让政治家、法律专家深刻研究的课题或许太多、太大了。
为了把赖昌星走私集团的走私要犯彻底钉在历史耻辱柱上，查私组领导上报海关总署同意，香烟组派出调查取证小组到境外调查。这又是赖昌星走私集团所万万没有想到的，也是他们无力堵塞的大“漏洞”富天船务所租用装载空箱假出口的船舶，向口岸各单位递交的申报资料中有不少航次注明“指运港”为“马尼拉”、“新加坡”“消费国别”是“菲律宾”、“新加坡”但搜集到的船舶航行资料却记载着许多航次的中转地或终点站是香港。
赴香港调查小组带着大量待查的资料到境外查阅那些船舶的航次在香港装卸货的情况。
同时，另一个境外取证小组，赴韩国釜山港、马山港调查“苏昌”、“青华”轮装载上船的到底是什么商品。在韩国关税署以及釜山海关和马山海关的配合支持下，直接调出了“苏昌”、“青华”轮五个航次装载香烟上船的证据。马山海关的关员还证实：从韩国保税仓库中提出商品装船靠泊马山港无需向海关申报，这是韩国海关法规定做法。但他们在码头见到的去中国厦门港的船舶装载的都是香烟。
境外证据的意义，是与国内历经艰辛所获取的书证、证人证言互相印证，证实了国内证据的真实可靠性。
赖昌星犯罪集团为使其大量走私的香烟合法入境，注册了厦门远华进出口公司，远华走私集团由曾明娜负责资金调度，曾明育负责在境外组织香烟货源，并联系需要将香烟走私入境的货主，吴荣辉负责船务运输，利用所租用的船舶从韩国马山、釜山及新加坡、马来西亚巴生港向境内运输香烟。在装运走私香烟的船舶到达厦门港海天码头之后，邵嘉喜指使陈天德到码头具体办理进口集装箱的交接手续，将进口集装箱直接运到海鑫堆场。
运载走私香烟的集装箱运达海鑫堆场后，由侯小虎、侯占武负责走私货物的通关。在海关查验进口集装箱的货物前，由侯小虎、侯占武勾结所收买的厦门海关东渡办事处海鑫监管点的关员、厦门海关同安办事处关员，事先确定海关要抽查的集装箱箱号，之后将海关要查验的进口重箱的封签剪掉，搬出走私入境的香烟，装入已准备好的空集装箱内，并将事先已准备好的、与伪报品名相符的货物装入海关要查验的集装箱内，并封上侯占武提供的封签后，接受海关查验。
走私进口高级轿车，从中国海关打击走私的档案中可以发现，订货、运输、上岸、上牌照、上路通过关卡等所有走私环节全都充满着腐败的气息。所以在所有的走私商品中，能引起老百姓痛恨的当是走私汽车。
查处远华集团走私汽车案，专案组中的查私、审理、侦捕组的海关关员和缉私警察同样不可幸免地遭遇了重重挫折。尽管一波三折，但这次行动有八部委协同作战，有党中央作坚强后盾，最后还是一举查实赖昌星集团走私汽车的犯罪事实。
远华汽车走私案的关节点被一一拿下，其他环节的取证，由于专案组在厦门的节节胜利而势如破竹。办案人员大有“庖丁解牛”之感觉。但是这里面的工作量相当巨大。因为涉案人员太多，定罪的证据要求方面又很严格，譬如书证材料还要和证人证言一一对应，不允许出现任何偏差。
远华集团更多的是利用已打通在厦门有关部门的关系之便，为其他大量的汽车走私分子代理进口走私汽车，按不同档次汽车收取不同标准的“水费”在赖水强交出的收取“水费”的“明细单”上列名清楚的车主就有二十余人，多到上百辆，少到几辆。遗憾的是这些“车主”大部分在逃。
香港杏怡公司的陈振德组织车源，由香港远华的吴荣辉安排船务。赖昌星为笼络住陈振德，特地把一“肥差”交给陈振德办理，即装车入柜。一般一个集装箱装入三辆。装柜必须备有汽车固定架和起吊等设备，因为汽车不得碰损，得异常小心。汽车装进柜内后，还须用绳捆绑固定。赖昌星给陈振德的代价是每辆车的装柜费为三千港币。所以办案人员讯问赖昌图和向章阿妹了解时问道：船到新加坡，集装箱有无可能调换他们一致回答：决无可能。为证实这一点，两人不约而同地介绍了陈振德如何装柜的这一细节。